El presidente de Ecuador, Rafael Correa, ha expresado su opinión de que la salida de Gran Bretaña de la zona comunitaria probablemente conlleve repercusiones económicas y políticas que podría afectar a los mercados mundiales, incluido Ecuador. También se teme que la negociación de los términos del Brexit pudiera empujar a Ecuador más abajo en la lista de prioridades de la Unión Europea.
El gobierno ecuatoriano ha puesto igualmente un signo interrogante sobre el efecto de Brexit en el nuevo régimen para las importaciones de banana procedentes de países latinoamericanos.