La reforma de la estructura orgánica del Ministerio de Medio Ambiente, y Medio Rural y Marino ha afectado especialmente a las funciones anteriormente atribuidas a las suprimidas Direcciones Generales de Agricultura y Ganadería, fusionadas ahora en la Dirección General de Recursos Agrícolas y Ganaderos. La supresión de la Dirección General de Agricultura implica una reordenación de las Subdirecciones Generales, entre las que se encuentran la Subdirección General de Productos Hortofrutícolas, la Subdirección General de Medios de Producción Agrícola, la Subdirección General de Agricultura integrada y Sanidad Vegetal y la Oficina Española de Variedades Vegetales, todas ellas con competencias que afectan directamente a la actividad del sector hortofrutícola. Está previsto que en el Consejo de Ministros del próximo viernes se apruebe el nuevo organigrama y se nombre al Director General de Recursos Agrícolas y Ganaderos, puesto para el que suena con fuerza el nombre de Carlos Javier Escribano, que desempeña en estos momentos el cargo de Director General de Ganadería. También se espera el nombramiento de Francisco Amarillo, actualmente Director General de Desarrollo Rural, como Director General de Desarrollo sostenible de Medio Rural, que mantiene prácticamente las mismas funciones anteriormente desempeñadas por la Dirección General de Desarrollo Rural. Las nuevas Direcciones Generales dependen de la nueva Secretaría General de Medio Rural, que tiene rango de Subsecretaría, cargo ocupado por Alicia Villauriz Iglesias según acuerdo del Consejo de Ministros del pasado 18 de abril.
FEPEX espera que la reorganización y reasignación de funciones permita potenciar los recursos humanos actualmente disponibles en la Administración General del Estado para hacer frente a los retos que el sector hortofrutícola tiene planteados en múltiples frentes, con problemáticas muy dispares relacionadas especialmente con la Comisión Europea, las negociaciones comerciales, la producción y los mercados.